Las capillas de la iglesia encierran auténticos tesoros de gran calidad y relevancia artística. Valga como ejemplo el retablo de la Capilla de la Concepción, propiedad en su día de Martín y Pedro de Hircio, compañeros de Hernán Cortés en la conquista de Mejico.
La figura de la Inmaculada Concepción es, con toda certeza, el ejemplar más denso y majestuoso del romanismo riojano. La imagen en su origen estaba acompañada por la de dos angeles, situados en su parte superior, de los que sólo queda uno. El otro fue depredado por algún ladrón sacrílego de la misma ralea de los que, durante los años 40 y 50, recortaban con cuchillas de afeitar los miniados de los numerosos libros cantorales situados en el coro.

Pulse aquí si desea ver una imagen ampliada del rostro y manos de la imagen.

El sepulcro del Obispo don Juan de Castrejana está situado en la Capilla del Santo Cristo de los Remedios.

En el retablo de la Capilla del Sagrario hallamos pinturas representando la crucifixión de San Pedro y la degollación de San Pablo así como un gran lienzo del abrazo de estos dos apóstoles.

Talla en madera representando la figura orante del Obispo Fray Pedro de Perea, fundador de la Capilla del Sagrario y situada en la misma.

En el sepulcro de don Pedro Saénz de Hircio, en la Capilla de la Concepción, luce la siguiente inscripción:
"Esta Capilla es de los Illustres Señores Matín de Ircio, conquistador de Nueva España, y de su muger doña María de Mendoza, hija del Conde de Tendilla; acabóse año de 1568".